کنترل اقلیم بسیار حساس و پیچیده است و اگر به درستی مدیریت نشود کشاورز را از اهدافش دور کرده و حتی باعث بروز خسارت نیز خواهد شد.

کارشناس توسعه روستا با تاکید بر اینکه اگر یک روستایی بخواهد شروع به کشت زعفران بکند، هیچ جایی وجود ندارد که به این روستایی مجوز و آموزش بدهد، گفت: ما همه چیز را در روستا داریم و نقشه گنج ایران در روستاها نهفته است.

وجود مشکلاتی در کنترل محیط داخل گلخانه جهت مطلوب­سازی محیط تحت کشت در روش سنتی، از چالش­هایی است که به انرژی و زمان زیادی برای حل شدن نیاز دارد. استفاده از فناوری میتواند راه­ حل مناسبی برای کنترل مطلوب و افزایش بازده باشد. اما برای انتخاب فناوری مورد استفاده بایستی دقت لازم را به­کار برد؛ چرا که برخی از این فناوری­ها به دلیل نقص­هایی در سخت­افزار، نرم افزار، محاسبات یا پردازش باعث بوجود آمدن خسارات جبران­ ناپذیری می­شوند.

از دیگر چالش‌ها می‌توان به کنترل اقلیم داخل گلخانه مطابق با نیاز گیاه برای بازده حداکثری اشاره کرد. واضح است که هر چه پارامترهای محیط کشت به نیاز گیاه برحسب نوع، رقم، مرحله رشد و... نزدیک باشد، ضریب رشد گیاه و بازده محصول آن افزایش‌یافته و درنتیجه بازده کل سیستم افزایش خواهد یافت.