انتخاب کنترل هوشمند گلخانه درست و متناسب با گلخانه اهمیت بسیار بالایی دارد. انتخاب اشتباه سیستم کنترل هوشمند گلخانه علاوه بر هزینه هایی که ایجاد می کند، می تواند سربارهای مدیریتی را نیز ایجاد نماید.

وجود مشکلاتی در کنترل محیط داخل گلخانه جهت مطلوب­سازی محیط تحت کشت در روش سنتی، از چالش­هایی است که به انرژی و زمان زیادی برای حل شدن نیاز دارد. استفاده از فناوری میتواند راه­ حل مناسبی برای کنترل مطلوب و افزایش بازده باشد. اما برای انتخاب فناوری مورد استفاده بایستی دقت لازم را به­کار برد؛ چرا که برخی از این فناوری­ها به دلیل نقص­هایی در سخت­افزار، نرم افزار، محاسبات یا پردازش باعث بوجود آمدن خسارات جبران­ ناپذیری می­شوند.