از دیگر چالش‌ها می‌توان به کنترل اقلیم داخل گلخانه مطابق با نیاز گیاه برای بازده حداکثری اشاره کرد. واضح است که هر چه پارامترهای محیط کشت به نیاز گیاه برحسب نوع، رقم، مرحله رشد و… نزدیک باشد، ضریب رشد گیاه و بازده محصول آن افزایش‌یافته و درنتیجه بازده کل سیستم افزایش خواهد یافت.